Das anhaltende Niedrigwasser auf der Donau führt derzeit zu deutlichen Einschränkungen im zivilen Schiffsverkehr.
Während Frachtschiffe ihre Ladekapazitäten reduzieren müssen und Fahrgastschiffe an verschiedenen Streckenabschnitten – wie in der Wachau sowie östlich von Wien – ihren Betrieb vorübergehend einstellen oder anpassen, bleibt die Verbindung zwischen Wien und Bratislava durch den Twin City Liner aufrechterhalten. Betrieben wird das Schnellboot von der Central Danube Region Marketing & Development GmbH, an der die Wien Holding und die Raiffeisenlandesbank NÖ-Wien beteiligt sind.
Die Betriebsfähigkeit des Schnellkatamarans bei geringen Wasserständen ist auf dessen spezifische Bauweise zurückzuführen. Selbst bei vollständiger Auslastung mit bis zu 250 Passagieren weist das Schiff einen Tiefgang von unter einem Meter auf. Dadurch kann der Katamaran die Strecke im Hauptstrom sowie über den Wiener Donaukanal regulär befahren. In der aktuellen Sommerperiode bedient das Verkehrsmittel die Route dreimal täglich je Richtung. Nach Unternehmensangaben führten niedrige Pegelstände seit der Aufnahme des Liniendienstes im Jahr 2006 zu keinen ausfallbedingten Betriebseinstellungen.
Die aktuelle Hydrologie der Donau stellt die Schifffahrt in Niederösterreich und angrenzenden Abschnitten jedoch vor breitere Probleme. Die Wasserstraßengesellschaft via donau meldet an mehreren Pegelstationen Werte, die deutlich unter dem mehrjährigen Mittelwert liegen. Neben Einschränkungen im Kabinenschiffsverkehr sind auch Ausflugsverbindungen und regionale Rollfähren von reduzierten Tonnagen oder Betriebseinstellungen betroffen. Die Verlagerung von Transportgütern auf Schiene und Straße verdeutlicht die Anfälligkeit der Flusslogistik bei extremen Wasserständen.
Obgleich der Flachwasser-Katamaran den Liniendienst aufrechterhält, verweisen Branchenbeobachter auf operative Herausforderungen bei anhaltendem Niedrigwasser. Bei geringer Wassertiefe erhöht sich das Risiko von Schäden an den Wasserstrahlantrieben durch aufgewirbelte Sedimente oder Treibgut im Fahrwasser. Zudem ist das Betriebskonzept stark von der saisonalen Auslastung im Passagierverkehr abhängig, weshalb Ertragsschwankungen bei schlechten Witterungsbedingungen oder ungeplanten Reparaturzeiten den wirtschaftlichen Aufwand des Schiffsbetriebs beeinflussen.