South Sudan Supreme Airlines ist in einen intensiven Rechtsstreit mit der südsudanesischen Regierung verwickelt. Die Fluggesellschaft behauptet, dass ihr 193 Millionen US-Dollar für die Lieferung subventionierter Nahrungsmittel und Treibstoffe während des Bürgerkriegs im Jahr 2013 zustehen. Der Eigentümer der Airline, Ayii Duang Ayii, ist jedoch mehrfach vor dem Ausschuss für Handel und Industrie der Nationalen Übergangsgesetzgebenden Versammlung (TNLA) des Landes nicht erschienen, um diese Ansprüche zu klären. Der Ausschuss drohte daraufhin mit rechtlichen Schritten. In einer Eskalation des Konflikts kündigte Duangs Anwalt an, den Ausschuss wegen Verleumdung zu verklagen, nachdem vertrauliche Dokumente und Vorladungen in sozialen Medien veröffentlicht wurden. Die Fluggesellschaft fordert eine öffentliche Entschuldigung und eine Entschädigung in Höhe von 1,5 Millionen US-Dollar. Sollte keine Einigung erzielt werden, droht South Sudan Supreme Airlines damit, den Fall vor den Ostafrikanischen Gerichtshof zu bringen. Der Ausschuss verlangt detaillierte Informationen über die Geschäftsbeziehungen zwischen South Sudan Supreme Airlines und dem kenianischen Unternehmen Noble Enterprise Ltd, das ebenfalls in den durchgesickerten Dokumenten erwähnt wird. Die Fluggesellschaft war seit einem tödlichen Absturz im Jahr 2021 inaktiv und kämpft zudem mit den Folgen einer Gerichtsentscheidung, die sie zur Entschädigung der Opferfamilien verpflichtete.